Das Gehäuse der Junglinster Orgel wurde um 1600 gebaut, ursprünglich für das Dominikanerinnenkloster von Marienthal.

Im Jahre 1792 erwirbt der damalige Junglinster Pfarrer das Instrument vom aufgelösten Kloster.

Im Jahre 1887 baut der Straßburger Orgelbauer Charles Wetzel eine komplett neue Orgel in das alte Gehäuse mit 12 Registern, verteilt auf zwei Manuale und ein angehängtes Pedal. Die Orgel wird 1939 vom Orgelbauer Georg Haupt umgebaut wobei zwei Register erneuert und zwei neue hinzugefügt werden. Die mechanischen Windladen werden durch Kegelladen ersetzt und pneumatisch angesteuert.

Anlässlich der Renovierung der Kirche, restauriert die Orgelbaumanufaktur Hugo Mayer aus Heusweiler (Saarland) die Orgel in den Jahren 2009/2010 unter Aufsicht der Denkmalpflege.
Das Werk wird im Wesentlichen auf das klangliche und technische Grundkonzept von Charles Wetzel zurückgeführt und stilistisch passend erweitert, wobei auch die Register von Haupt bestehen bleiben.

Das Instrument verfügt nunmehr – als historisch gewachsenes Instrument – über 29 Register, verteilt auf 2 Manuale und Pedal.