Le buffet de l’orgue de Junglinster a été construit vers 1600, à l’origine pour le couvent des dominicaines de Marienthal.

En 1792, le curé de Junglinster de l’époque rachète l’instrument au couvent dissous.

En 1887, le facteur d’orgues strasbourgeois Charles Wetzel construit un orgue entièrement neuf dans l’ancien buffet, avec 12 jeux répartis sur deux claviers et un pédalier accroché.

En 1939, le facteur d’orgues Georg Haupt reconstruit l’orgue en renouvelant deux jeux et en en ajoutant deux nouveaux.

A l’occasion de la rénovation de l’église, la manufacture d’orgues Hugo Mayer de Heusweiler ( Sarre ) restaure l’orgue en 2009/2010 sous la surveillance du service des monuments historiques. En bref, l’instrument est ramené au concept sonore et technique de Charles Wetzel et élargi selon l’esthétique sonore de la fin du 19e siècle, tout en conservant les registres de Haupt.

L’instrument dispose désormais – en tant qu’instrument historiquement développé – de 29 registres, répartis sur deux claviers et pédale.

En 2025, dans le cadre des festivités du 250e anniversaire de la consécration de l’église, l’orgue est enrichi d’un clavier Solo. Les tuyaux se trouvent derrière le maître-autel, invisibles pour l’observateur.